行方がわからなくなった弟から手紙が届き、その差出人住所が調べてみたらある刑務所の住所と一致していました。
刑務所に収監されているのかどうかの確認はどのようにしたら良いのでしょうか？

法務省の強制局保安課がすべて把握しています。そこに確認をされたらどうでしょうか。但し、親族といっても教えてくれるかはわかりません。