父が個人再生の手続を近々行うのですが、私は、父の土地の上に、私所有の建物を建てて、生活しています。
　父の土地には、父の商売の根抵当権（２０００万円）が設定されています。

　父の土地は、固定資産税の評価額は、５００万円程度ですが、個人再生の手続をする前に、父から、土地を購入してくれないかという話がきています。
　担保権者の銀行の担当者は、１２００万円を父に支払えば、根抵当権を抹消してくれるとのことでした（１２００万円は銀行に全額回収されます）。

　固定資産税の評価額からすれば、めちゃくたゃ高いですが、銀行からは、競売になれば、土地を貴方が取得できるわけではないと言われています。また、１２００万円がなければ、その銀行が私にその土地を担保にかしてくれるといっています。

　父との売買に応じて問題がないでしょうか？

売買について、それをするか否かは、個人の考えに
よるところがあります。
従って、買うか否かは、あなたの判断によります。

１２００万円を出したほうがよいか、競売によって
１２００万円も出す覚悟があれば、安く手に入れられるか
わかりません。その土地の価値が本当にいくらなのかを
慎重に考える必要があります。

また、価格によっては、監督委員から否認される可能性も
あります。
一度、弁護士に相談されたほうがよいかと思います。