個人事業での勤務弁護士,勤務税理士等は、資格手当5万を貰っている場合、管理職としての仕事をしていなくても残業手当は貰えないのでしょうか？

勤務税理士についてはよくわかりません。

勤務弁護士の場合は、はっきりした取り決めが行われて
いない例が多いように思えます。
勤務弁護士も事業主という面もありますので、雇用主と
よく話し合って決めるといいでしょう。
残業手当の請求については、労働弁護団でも相談してください。