結婚して半年ですが、同居を始めて一週間で私が仕事に出ている間に相手が何の断りもなく勝手に出て行きました。
同居中は相手が想像していた結婚生活ではなかったようで、事あるごとに私に反発しひどい事を何度も浴びせられましたが何とか我慢をしいずれ解ってくれると思って生活しておりました。
その後半年経ち、私の方から離婚届と同意書（金銭面での要求はお互いに行わない要旨）でを送付したところ、やり直したい、謝罪させて欲しい、との文面で内容証明郵便が送られてきました。
私としては譲歩しての協議離婚で済ませたいのですが、応じようとしないので、調停・裁判を行うとしたら悪意の遺棄で相手を訴えることに問題は有りませんでしょうか。
また、離婚の意志を内容証明郵便で送る必要がありますでしょうか。（これまではメールで連絡を取り合っております。）
どうぞご教授願います。

悪意の遺棄と認定されるかはわかりませんが、
婚姻を継続しがたい事由にはあたるように思えます。
従って、調停、裁判を行うのですが、弁護士をつけた
ほうが早いかと思います。
離婚の意思を内容証明で出す必要はないのですが、
相手が内容証明が好きそうなので、内容証明で
出すのもよいかも知れませんね。