別居して5か月位になります。妻が自分の親（3，４年前に両親共死去）から貰ったお金の内1千万円を２人の子供の学費（2人共大卒）に使ったのだからその１千万円を返せと私に言っています。
そのお金の事は、いつ、いくら貰ったか、どの位使ったかはその当時、私はまったく知りませんでした。実際、私の稼ぎも多くはなかったので学費に使っていてくれていたのはありがたいと思いますが、しかしこの様な状況になったからと言って、私が妻にその１千万を返す義務があるのか教えてください。

妻は主に専業主婦でした

義務があるかは、難しいところですが。
離婚の際の精算として考慮するか
よく話し合ってください。