妻が離婚裁判を起こしました。
こちらは、子供のためにも復縁を希望しておりますが別居中です。

妻の陳述書をみると、嘘ばかりです。
たとえば、２年前に実家に遊びに帰ったことを、別居したかったから帰った、と述べていますし、子供を殴ったとも書いています。
事実無根です。
裁判所は、女性の味方になる傾向があると聞いていますが、どのように反論するかわからず、ただ、やっていないと言うしかありません。

このような嘘に対してどのように、反論すればよいのですか。
証拠を出せというしかないのでしょうか。

実際に担当していないので、よくわかりません。
一般に陳述書は、互いの言い分を書いてあるので、
違うのは当たり前です。
陳述書に書いてあることと、事件の経過や事情
他の証拠と照らし合わせて、信用力を訴えていく
のが普通です。