夫から離婚の意思表示があり別居中です。
私も離婚には同意しています。
別居中に夫が個人名義の預金（明らかに共有財産です）を
３００万ほど使い込んだと申告がありました。
（隠している可能性もあり、隠している口座の目星はつきます）

現在調停中ですが、財産分与について、別居時を起点とし、
夫が使い込んだ預金をあるものとして分与を行うことは
一般的に認められますか？
（つまり使い込んだ分を分割なりで私に払ってもらう）
それともないものはないとして片付けられてしまいますか？

通常は、３００万円はあったものとして計算します。
しかし、それが、慰謝料の原資だった場合は、
影響がないわけではありません。