妻と子供は、実家に住んでおり離婚を前提に別居しています。

他の市へ引っ越しを考えているのですが、その際、妻と子供の住民票は
一緒に暮らしてなくても新住所に変更する必要はありますか？

それとも今、暮らしてる実家にしたほうがいいのでしょうか？

できれば、相手に、どうするか聞ければいいですね。

聞けなければ、あなただけ、移転するとよいかと
思います。
生活の必要上、自分の住所は移転しましたと
連絡されればよいでしょう。